野鸟是冠状病毒（CoVs）和禽流感病毒（AIVs）的天然宿主。目前尚不清楚野鸟是否会同时感染这两种病毒。本研究中，对2020—2021年我国上海市采集的野鸟泄殖腔、气管和粪便样本进行了CoVs和AIVs检测，以调查这两种病毒的双重感染率。结果显示，两种病毒的总阳性率为3.3%（82/2510; 95%置信区间[CI]: 2.6%~4.0%），且主要是雁形目样本。38.9%（82/211; 95% CI: 32.5%~45.6%）的CoVs阳性样本同时检出CoVs和AIVs，而只有26.9%（82/305; 95% CI: 22.2%~32.1%）的AIVs阳性样本同时检出CoVs和AIVs。结果表明，CoVs感染的野生鸟类更容易感染AIVs。基于RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）基因部分序列的系统发育分析显示，γ型CoVs主要与鸭CoVs聚类，而δ型CoVs更为多样化，可与各类野鸟CoVs聚类。结果提示，应持续进行监测，以掌握这两种病毒在其自然宿主中的双重传播和进化情况。